Další pokračování z šedesátileté historie mladoboleslavského basketbalu mapuje období v letech 1989 – 1999. Oslavy jubilea vyvrcholí 16. května ve sportovní hale v Mladé Boleslavi a společenským večerem U Šmaku v Kosmonosích.

Po mistrovské sezoně 1989 – 90 dochází k reorganizaci mužských soutěží. Nově je vytvořena II. národní liga, později nazvaná III. liga. V ní od sezony 1990 – 91 hraje družstvo mužů Auto Škody po svém umístění v sezoně 1989 – 90 v I. NBL na 13. místě.

Toto období velkých společenských změn je charakterizováno snížením zájmu o výkonnostní sport a změnou financování. Zatím co v minulých letech byly prostředky zajišťovány z ČSTV, je v tomto období finanční situace oddílu závislá jen na aktivitách členů oddílu.

Oddíl začíná stavět na vlastních odchovancích, kteří postupně nahrazují hráče, kteří končí svou hráčskou karieru v družstvu A a vedle již tradičního rezervního družstva je založeno i C družstvo mužů.

Stabilní částí oddílu se stává také družstvo žen, které v roce 1989 zahajuje novodobou historii ženského basketbalu v Mladé Boleslavi svou účastí v krajském přeboru od sezony 1989 – 90.

Stále, i když v menším rozsahu, ale zato ve vyšší kvalitě, se daří práce s mládeží. Od roku 1990 jsou dorostenecká družstva staršího dorostu chlapců trvalými účastníky ligy dorostu. Stejně se daří i starším dorostenkám, které dokonce v sezoně 1993 – 94 obsadily 4. místo v I. lize ČR.

Z úspěchu žáků a žákyň lze uvést 5. místo na přeboru ČR žáků v sezoně 1989 – 90 a 7. místo v sezoně 1992 – 93. Na přeboru ČR starších žákyň končí družstvo Auto Škody na 2. místě a stejné místo získaly mladší žákyně v sezoně 1989 – 90.

V roce 1999, v roce 50. výročí vzniku oddílu, má oddíl tato družstva a trenéry:
Muži A – ing.Pavel Velda, Petr Hybler, muži B – Michal Chodanič, Pavel Pilvousek, muži C – Miroslav Toman, starší dorostenci – Vlastimil Bártl, Petr Helmich, mladší dorostenci – Marek Melčák, Miloš Nesvadba, starší minižáci – Ivo Hostonský, Miloslav Frýda, mladší minižáci . Karel Lachman, ženy – Jiří Mladý, mladší dorostenky – Jiří Nezavdal, Yvona Horáková, mladší žákyně – Vojtěch Červinka, Petr Bušek, starší minižákyně – František Dolejší, Radek Ondrášik.