S fotbalem začínal v Dolním Benešově, odkud ještě jako dvanáctiletý žáček přestoupil do FC Baník Ostrava. Po něm si prošel angažmá v rumunském Temešváru a anglickém Swindonu a znovu přes Baník Ostrava zamířil do Mladé Boleslavi. 

Ve 232 zápasech české ligy nastřílel 56 gólů. Z této tuzemské bilance na pětileté působení v mladoboleslavském dresu připadá 109 startů a 32 gólů. Spolu s 21 góly nastřílenými v rumunské lize při působení v Temešváru činí kanonýrská bilance 77 prvoligových gólů a chybí mu tak 23 zásahů ke vstupu do prestižní tuzemské společnosti Klubu ligových kanonýrů, který má 69 členů, z nichž pouze David Lafata (199 gólů) a Milan Baroš (125 gólů) jsou ještě aktivními hráči.

Lukáš Magera s Baníkem Ostrava vyhrál mistrovský titul (2003-04) i český pohár (2004-05). Podruhé se ze zisku českého poháru radoval s FK Mladá Boleslav (2015-16). V reprezentačním dresu Česka za tým U21 v ročníku 2004-05 ve třinácti zápasech dvakrát skóroval, za dospělých tým si v ročníku 2009-10 připsal čtyři starty bez střeleckého úspěchu.

Své mezinárodní zkušenosti prokázal při zápasech v předkolech Evropské ligy, kterých v mladoboleslavských barvách absolvoval třináct a se čtyřmi nastřílenými góly je aktuálně nejproduktivnějším fotbalistou FK Mladá Boleslav v evropských pohárech.