Nová školní budova v Horních Stakorách, která byla postavena a otevřena v roce 1924, se stala významným místem kulturního života v obci. Muzeum bylo umístěno v nevyužitém podkrovním prostoru a založeno v roce 1949 jako školní muzeum. Jeho smyslem bylo připravit výstavy hlavně pro děti ve škole, aby rozšířily vědomosti o obci a okolí. Pro kladný ohlas na zřízení muzea mu obyvatelé darovali spoustu exponátů a obohatili sbírku.

Zakladatelem muzea byl Antonín Čech, cihlářský mistr, nadšený sběratel vykopávek, který svou sbírku věnoval muzeu. V minulosti z doby kamenné totiž bylo v Horních Stakorách objeveno velké naleziště pazourků - prvního lidského pracovního nástroje.

Druhým nadšencem a zakladatelem muzea se stal Jiří Valenta, který v době založení muzea studoval na gymnáziu. Prohledával kůlny a půdy v chalupách Horních a Dolních Stakor. Sbíral a zachraňoval před zkázou staré kolovraty, tisky, mince, památky z domácností, ručně kreslené a vázané zpěvníčky.

V muzeu byly uloženy a uspořádány všechny historické předměty z obce a blízkého okolí. Provozováno bylo do roku 2016 jako školní, pak bylo uzavřeno. Na žádost Osadního výboru Horní Stakory z listopadu roku 2016 bylo Muzeum Horní Stakory zařazeno pod Muzejní spolek Kosmonosy. Ten má také ve správě Muzeum Kosmonosy v zámku.